Director académico de la Biblioteca universitaria de la Universidad de Montevideo.
Fernando Aguerre también el director del Centro de Documentación y Estudios de Iberoamérica.
Es doctor en Geografía e Historia (sección Historia de América) por la Universidad de Sevilla y posee un Máster en Instrumentos para la Valoración y Gestión del Patrimonio Artístico por la Universidad Pablo de Olavide. Trabajó como investigador en misión oficial en el Archivo General de Indias (Sevilla) y en el Archivo de la Real Academia de la Historia (Madrid). En 1999 obtuvo una beca del Instituto de Cooperación Iberoamericana para realizar tareas de investigación y docencia en la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad de Alcalá de Henares.
Desde 1998 es profesor titular de Historia Moderna de América en los cursos de grado y postgrado de la Facultad de Humanidades y Educación de la Universidad de Montevideo en la que ocupó el cargo de decano durante varios años. Es profesor visitante en el programa de Doctorado en Historia de la Universidad de los Andes (Chile). Es investigador del SNI de la Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII-Uruguay).
A lo largo de estos años ha desarrollado proyectos de investigación en el área de historia rioplatense del siglo XVIII, con énfasis en historia de la Iglesia e historia de la cultura y el patrimonio. Sus dos últimas obras publicadas son: Una caída anunciada: el obispo Torre y los jesuitas del Río de la Plata (Linardi y Risso, Montevideo, 2007), y Los últimos españoles: autonomía y lealtad a la corona en el Montevideo insurgente (Linardi y Risso, Montevideo, 2012).
